La sauge sclarée est une plante herbacée bisannuelle ou vivace (de vie courte), très odorante, très velue, de 40-100 cm de hauteur. Les tiges quadrangulaires sont assez robustes, érigées, ramifiées. Elles portent dans la partie supérieure des poils glanduleux (contenant de l'huile essentielle) et sont pubescentes ailleurs.
Les feuilles sont grandes, opposées, de forme ovale, grisâtres.
L'inflorescence terminale de la tige principale (et des rameaux secondaires) est une longue panicule de 30-60 cm de haut, visqueuse, portant sur ses rameaux des verticilles de 2 à 6 fleurs. Chaque verticille est sous-tendu par 2 bractées florales membraneuses, orbiculaires, d'abord d'un rose pâle veiné de mauve puis blanchâtre veiné de vert. La fleur de 3 cm de long comporte un calice pubescent à 13 nervures et dents épineuses et une corolle à lèvre inférieure blanche et lèvre supérieure falciforme, bleu pâle à lilas. La floraison se fait en juin.