Millepertuis signifie « mille trous », provenant de l'ancien français pertuis en référence à la feuille de certaines espèces qui semble percée de nombreux petits trous quand on observe les feuilles par transparence. En fait, ils correspondent à des glandes translucides donnant l'impression d'une multitude de minuscules perforations qui renferment la fraction volatile d'une huile essentielle, contenant une quarantaine de constituants chimiques identifiés, dont l'hypéricine et l'hyperforine, composés chimiques servant de défense contre les herbivores. Les hypéricines sont des pigments rouges photosensibilisants, qui donnent une coloration rouge-noirâtre au suc des poches sécrétrices correspondant aux ponctuations noirâtres des feuilles et des fleurs, alors que les poches translucides contiennent l'huile essentielle sous forme volatile.
Les feuilles sont simples, opposées, de forme ovale à lancéolée. Les fleurs, d'un jaune plus ou moins vif, possèdent cinq pétales (rarement quatre) et de nombreuses étamines.